Ο Προϊστάμενος Διεύθυνσης της Γραμματείας διευθύνει τις υπηρεσίες αυτής και φροντίζει για την εύρυθμη λειτουργία των εργασιών της, σύμφωνα με τις εντολές του Διευθύνοντος την Εισαγγελία, ασκώντας τα καθήκοντα του όπως ο νόμος ορίζει.
Τη Διεύθυνση της Γραμματείας ασκεί ο εκάστοτε οριζόμενος από το αρμόδιο Υπηρεσιακό Συμβούλιο δικαστικός υπάλληλος.
Όλοι οι υπάλληλοι ανεξαρτήτως βαθμού ή αρχαιότητας οφείλουν να εκτελούν τις εντολές του Προϊσταμένου της Γραμματείας ή του εκάστοτε οριζόμενου αναπληρωτή του. Για κάθε υπηρεσιακό θέμα οι υπάλληλοι της Γραμματείας οφείλουν πρώτα να απευθύνονται προς τον Προϊστάμενο της Γραμματείας.
Ο Προϊστάμενος της Διεύθυνσης της Γραμματείας είναι υποχρεωμένος να αναφέρει αμέσως στον Διευθύνοντα την Υπηρεσία, το αίτημα του υπαλλήλου και να ανακοινώσει επίσης αμέσως προς τον υπάλληλο την απόφαση του Διευθύνοντα να τον δεχθεί ή όχι σε ακρόαση, καθώς και την ημέρα και ώρα της ακροάσεως.
Ο Διευθύνων την υπηρεσία δύναται να καθορίσει ο ίδιος διαφορετικά τον τρόπο ακροάσεων και επικοινωνίας, όπως εκείνος κρίνει κάθε φορά σκόπιμο και αναγκαίο. Το δικαίωμα όμως αυτό του Διευθύνοντος δεν αναιρεί την υποχρέωση των υπαλλήλων να απευθύνονται προς αυτόν με τον προκαθορισμένο ιεραρχικά τρόπο. Ελέγχει και συντονίζει τη δράση όλων των τμημάτων
της Γραμματείας, με σκοπό την ουσιαστική και αποτελεσματική λειτουργία τους, την καλύτερη στέγαση, την οργάνωση και τον εκσυγχρονισμό των υπηρεσιών. Καταχωρεί όλα τα εισερχόμενα και εξερχόμενα έγγραφα που έχουν εμπιστευτικό χαρακτήρα. Εισηγείται στον Διευθύνοντα την Εισαγγελία, την τοποθέτηση και μετακίνηση των υπαλλήλων και των επιμελητών στα διάφορα Τμήματα. Μεριμνά για τη διεκπεραίωση των εργασιών που έχουν σχέση με την σύγκληση της Ολομέλειας της Εισαγγελίας, όταν την ζητεί ο Διευθύνων. Εκτελεί καθήκοντα Γραμματέα της Ολομέλειας της Εισαγγελίας, εκτός αν ορίζεται διαφορετικά από τον Διευθύνοντα και τηρεί βιβλίο πρακτικών και αποφάσεων αυτής. Υποβάλλει στην Ολομέλεια έγγραφες προτάσεις για θέματα σχετικά με τον κανονισμό, που αφορούν τη Γραμματεία και τις αναπτύσσει προφορικώς στη συνεδρίασή της.
Αναθέτει στους δικαστικούς υπαλλήλους την εκτέλεση υπερωριακής εργασίας ή υπηρεσίας για απογεύματα, Σάββατα, Κυριακές και λοιπές αργίες, κατά τις ώρες λειτουργίας του γραφείου των Εισαγγελέων της Ποινικής Δίωξης και του Εισαγγελέα Υπηρεσίας.
Ελέγχει την κανονική προσέλευση και αναχώρηση των υπαλλήλων και ενημερώνει σχετικά τον Διευθύνοντα.
Διαχειρίζεται το Μητρώο Μισθοδοτούμενων Ελληνικού Δημοσίου στο Διαδίκτυο. Μεριμνά για την ασφάλεια και την ευπρεπή εμφάνιση των κτιριακών εγκαταστάσεων και του υλικού εξοπλισμού της Εισαγγελίας.
Αναπληρώνεται με πράξη του Διευθύνοντα κατά νόμο. Στη Διεύθυνση της Γραμματείας ορίζεται να υπηρετεί ένας δικαστικός υπάλληλος με βαθμό Διευθυντή και ενεργεί τα νόμιμα για την αξιολόγηση των υπαλλήλων. Οι υπάλληλοι του κάθε τμήματος υποχρεούνται να εκτελούν τις εντολές του Προϊσταμένου του Τμήματος. Σε περίπτωση άρνησης, ο Προϊστάμενος υποχρεώνεται να το αναφέρει στον Προϊστάμενο του Τμήματος Εισαγγελέα Πρωτοδικών, τον Προϊστάμενο Διεύθυνσης της Γραμματείας και εφόσον το θέμα δεν επιλυθεί, στον Διευθύνοντα την Υπηρεσία. Το ίδιο όμως δικαίωμα έχει και ο υπάλληλος του Τμήματος εάν κρίνει ότι η εντολή δεν είναι νόμιμη δόθηκε κατά κατάχρηση του δικαιώματος του Προϊσταμένου του. Όλοι οι προϊστάμενοι των τμημάτων δικαιούνται χωρίς τη μεσολάβηση του Προϊσταμένου Διεύθυνσης της Γραμματείας να απευθύνονται απευθείας στον Διευθύνοντα την Υπηρεσία προς αντιμετώπιση οποιουδήποτε υπηρεσιακού θέματος ανακύπτει.